Au début de son installation, maître Ueshiba enseigna dans les résidences privées de plusieurs de ses protecteurs. Ses élèves étaient des officiers de l'armée, des hommes politiques et des dirigeants d'entreprises. Parmi eux, l'amiral Takeshita était un élève très passionné, il avait présidé l'Association de Sumo, et soutenait maître Ueshiba. Il avait étudié la Daito-ryu pendant plus de dix ans et donnait des cours dans sa demeure. L'amiral Takeshita se donna beaucoup de mal pour faire connaître Maître Ueshiba et son art dans différents milieux. Cet appui fut certainement déterminant dans le succès que maître Ueshiba connu à Tokyo.

En 1930, une collecte de fonds permet l'ouverture d'un dojo à Ushigome, quartier de Shinjuku, qu'il nommera Kobukan. Actuellement c'est toujours à cet endroit que l'on trouve le siège de l'Aïkikaï. Là en octobre, il reçoit la visite de Jigoro Kano Sensei, maître du Kokodan, fondateur du Judo. Maître Kano fut si impressionné par les techniques de maître Ueshiba qu'il lui confia plusieurs de ses meilleurs élèves afin qu'ils apprennent l'Aïkido. Le Kobukan dojo était alors connu sous le nom de "Dojo de l'enfer".

Parmi les élèves de cette époque, se trouvaient des pratiquants renommés tels que Yoïchiro Inoue, Kenji Tomiki, Minoru Mochizuki, Tsutomo Yokawa, Shigemi Yonekawa, Rinjiro Shirata et Gozo Shioda.

Entre 1939 et 1940, en plus de son enseignement au Kobukan, Morihei fut engagé pour enseigner les arts martiaux dans différentes académies militaires telles que l'école d'officiers de Toyama, l'école d'espions de Nakano, l'école navale etc. Mais en réalité l'enseignement fut souvent délégué à des élèves avancés du Kobukan car l'emploi du temps de Morihei Ueshiba était surchargé.

Durant une partie de cette époque, Maître Ueshiba s'employa à enseigner les techniques du Daito-ryu-aïkijujutsu et délivra des diplômes rédigés sur des rouleaux. Cependant, ses relations avec Takeda Sensei s'étaient détériorées et il prit progressivement ses distances avec son ancien professeur. Morihei semble ne plus avoir eu aucun contact avec Sokaku Takeda après le milieu des années trente.

En 1931 se crée "l'Association pour la promotion des arts martiaux" sous les auspices de la religion Omoto à l'instigation de Onisaburo, cette association se crée dans le but de promouvoir l'action de Morihei dans les arts martiaux. Des antennes de cette école sont établies dans tout le japon et organisent des stages d'entraînement aux arts martiaux en parallèle avec les réunions locales de la religion Omoto. Ce type d'organisation sera effectif de 1931 à la fin de 1935, date à laquelle la religion Omoto-Kyo sera brusquement interdite par le gouvernement militaire japonais.

En 1939, Morihei est invité en Mandchourie pour faire une démonstration publique. Il y combat l'ancien lutteur de sumo Tenryu et le cloue au sol d'un seul doigt; celui-ci deviendra dès lors son élève. Il fit ensuite plusieurs visites en Mandchourie, dont la dernière, en 1942 à l'occasion de la célébration du dixième anniversaire de la création de l'état de Mandchourie. Ce jour là, il effectua sa démonstration en présence de l'empereur Pu'Yi.

Le 30 avril 1940, le Kobukan obtint le statut de "Formation reconnue par le ministère de la santé et de l'hygiène". Le premier président fut l'amiral Isamu Takeshita.